long run应该是指“long term”，即“长期”。同理“short run指short term”，即“短期”。in the long run就是“长远；终究”。

【例句】
But in the long run it is as inevitable as changes in the weather.
但长远来看，这种需求就像天气的变化一样，是不可避免的。

Sometimes expensive drugs or other treatments can be economical in the long run.
有时昂贵的药物或其他治疗方法从长远来看可能是比较划算的。