In the near-surface layers, there are many large, fast carnivores as well as an immense variety of planktonic animals, which feed on plankton (small, free-floating plants or animals) by filtering them from currents of water that pass through a specialized anatomical structure.

　　结构分析：

　　复合句，主句中包含which和that引导的定语从句。

　　句子分析：

　　In the near-surface layers 状语， 主句为there be 句型，many large, fast carnivores as well as an immense variety of planktonic animals 是主语。

　　本部分的意思：在近表面层，有很多大型的，移动速度快的食肉动物以及大量的浮游动物，

　　which引导的从句中，which充当主语，修饰之前所提及的动物们，从句中feed on 是谓语。planktton 宾语，括号当中的内容对planktton进行解释说明。

　　本部分意思： 他们以浮游生物为食(小的，自由漂浮的植物或动物)。

　　by filtering them from currents of water 方式状语，说明如何吃这些浮游生物。that引导的从句中，that 充当主语，修饰water， 从句中 pass through 是谓语， a specialized anatomical structure 宾语。

　　本部分的意思：通过一个专门的内部组织。本部分的意思： 依靠流经体内结构的水流将浮游生物过滤出来。

　　参考翻译：

　　在近表面层，有很多大型的，移动速度快的食肉动物以及大量的浮游动物，他们以浮游生物为食(小的，自由漂浮的植物或动物)， 依靠流经体内结构的水流将浮游生物过滤出来。